Основные госбюджетные темы НИР и некоторые публикации:

• "Структурно-функциональные особенности поверхностных гликополи­меров ризобактерий" (рук. Засл. деятель науки РФ, д.б.н., профессор Игнатов В.В.)
• "Исследование механизма образования месенджеров межклеточной коммуникации олигосахаридной природы" (рук. Засл. деятель науки РФ, д.б.н., профессор Игнатов В.В., с.н.с. к.б.н. Селиванов Н.Ю.)
• "Углевод-связывающие белки как факторы коммуникации в фитосимбиозах: фундаментальные и прикладные аспекты" (рук. зав. лаб. д.б.н. Антонюк Л.П.)
• "Роль углеводсвязывающих гликопротеинов в процессах жизнедея­тельности бактерий и грибов" (рук. зав. лаб. д.б.н. Никитина В.Е.)
• "Изучение роли актинового цитоскелета в адаптивных и коммуникаци­онных реакциях клеток растений" (рук. зав. лаб. д.б.н. Соколов О.И.)
• "Исследование молекулярно-генетического механизма переноса ДНК-белковых комплексов агробактерий в эукариотические клетки" (рук. в.н.с. д.б.н. Чумаков М.И.)
• "Комплексный иммунохимический анализ антигенных структур, определяющих ассоциативные взаимодействия микроорганизмов с растениями" (рук. зав. лаб. д.х.н., профессор Щёголев С.Ю.)
• "Изучение вклада плазмид в определение подвижности и образование мажорных компонентов клеточной поверхности у почвенных ассоциативных бактерий Azospirillum brasilense" (рук. зав.лаб. д.б.н. Кацы Е.И.)
• "Роль растительно-микробных сообществ и грибов в процессах деградации углеводородов и их производных в окружающей среде" (рук. зав. лаб. д.б.н. Турковская О.В.)
• "Механизмы адаптации растительно-бактериальных ассоциаций к поллютантам: вклад аборигенной микрофлоры водных и наземных растений в аккумуляцию и трансформацию соединений мышьяка и фосфорорганических пестицидов" (рук. зав. лаб. к.х.н. Фёдоров Е.Е., с.н.с. к.б.н. Любунь Е.В.)
• "Исследование электрофизических свойств бактериальных клеток при взаимодействии с высокомолекулярными соединениями и бактерио­фагами" (рук. зав. лаб. д.б.н. Игнатов О.В.)
• "Развитие фундаментальных принципов нанотехнологии плазмонно-резонансных структур, функционализованных биомакромолекула­ми" (рук. зав. лаб. д.ф.-м.н., профессор Хлебцов Н.Г.)
• "Исследование молекулярных механизмов растительно-микробных взаимодействий с использованием спектроскопических подхо­дов" (рук. в.н.с. д.х.н. Камнев А.А.)

Значительная часть исследований проводилась и проводится с использованием грантов, предоставленных различными научными фондами (Президента РФ для ведущих научных школ, Миннауки РФ, РФФИ, Сороса, INTAS, INCAS, NATO, CRDF и др.).